1960년대 초부터 경제 개발 계획이 본격적으로 수행되면서 환경 보전 대책이 무시된 급격한 도시화, 산업화로 인하여 환경오염 및 각종 공해 현상이 발생하였습니다. 이로 인하여 생활환경의 질적 저하, 생태계 파괴 및 보건학적 위험 요인의 증가 등을 포함한 각종 장해가 초래되었다.

이러한 환경오염과 공해 현상을 방지하여 조화 있는 발전을 이룩하고 각종 질병의 발생과 자연 자원의 손실을 방지하기 위해서 환경과 관련된 과학, 기술, 경제, 행정 그리고 교육제도 등을 포괄하는 종합적인 연구가 필요하게 되었다.

이와 같은 필요성에 따라 인문·자연과학 분야의 종합적인 연구를 수행하며 국내 각 분야의 연구 성과를 종합하고 기술의 개발, 응용 등을 촉구하기 위하여 연세대학교 의과대학 내에 환경공해연구소가 설립되었다.

1960년대 초반부터 산업 발전에 따른 환경오염의 심화로 그에 대한 실태조사 및 피해 그리고 대책의 연구가 시급하게 인식되었다. 이와 같은 시대적인 요청에 따라 1968년 3월에 의과대학 예방의학교실이 중심이 되어 「공해연구소」를 발족하고 환경오염의 원인, 현상, 피해와 대책에 관하여 광범위한 연구를 시작하였다.

1970년대 이후에는 환경오염 문제가 사회적으로 크게 부각되어 이에 대한 인식이 행정부 및 국민들에게서 고조됨으로써 환경 보전에 대하여 보다 체계적인 대책이 요구되었다.

이에 연세대학교에서는 환경보건의 전문지식을 보급하고 이를 다룰 전문인을 양성하기 위하여 1976년 3월에 보건대학원에 환경관리학과를 개설하고, 1979년 3월에는 원주 캠퍼스 보건과학대학에 환경과학과를 개설함에 따라 이들 전문인 양성 교육에 본 연구소가 직접, 간접적으로 참여하게 되었다. 1980년이래 국가적으로 환경 보전 문제를 보다 포괄적으로 다루어야함을 감안하여 1981년 연구소의 명칭을 「환경공해연구소」로 개칭하여 오늘에 이르렀다.

환경공해연구소는 매년 여러 편의 연구 논문을 발표하여 1968년 이래 현재까지 약 400여종의 연구 논문을 발표하였으며 환경 분야 저서로서 『환경공해와 대책』등 전문서적을 발간하여 왔다. 또한 행정부처, 국내외 각 연구소, 사업체, 국내외 학술단체와 공동 연구, 자문 등을 적극적으로 주도해 왔으며 오늘날 많은 연구소 출신 인사가 여러 분야에 종사하고 있다.

환경공해연구소는 환경관리 분야에서 국·내외적으로 선도적인 역할을 맡고 있는 전문연구소로서, 현대 산업사회에서 대두되는 환경오염에 의한 건강 장애와 그로 인한 위해성을 연구하고 이에 대한 관리 대책까지 제시하는 데 주력하여 왔다.

근래에는 각종 관련 국제 학회에서 매년 4-5편의 연구 논문을 발표하고 있고, 미국 하버드대학 보건대학원(Harvard School of Public Health)과 "환경오염 물질의 건강위해성평가"에 대한 공동 워크샵을 개최하여 왔으며, 또한 여러 관련 학문과 연계하여 ”환경유해인자 및 화학물질 건강위해평가“, ”미세먼지 인체 및 건강영향평가“, ”어린이 등 민감군 환경 역학 연구“, “환경잔류생태축적독성물질(PBTs)", "실내공기오염", "환경오염 물질의 처리와그이용", "소독부산물(DBPs)" "환경영향평가", "환경정책 연구", "환경문제에 따른 경제학적 연구" ”국내 대기질, 수질, 토양 등의 환경기준 설정 연구“ 등에 대한 연구 및 타 분야와의 협동연구 등 교류 활동을 활발히 하고 있다.

설립이래 의과대학의 권숙표 교수가 초대 소장을, 정 용 교수가 2대 소장을, 신동천 교수가 3대 소장을 역임하였으며, 각 분야에서 약 50명의 연구 교수들이 참여하고 있고, 2019년 3월부터 4대 소장으로 의과대학의 김창수 교수가 재임 중이다.